1) Suba su archivo SQL por FTP en la carpeta que desee.
2) Ingrese mediante un cliente de SSH a su servidor con el usuario root
3) Corra el siguiente comando, no olvide reemplazar los datos por los de su base de datos usuario y la ruta del archivo descargado:
mysql -u usuario_de_la_base_de_datos -p nombre_de_la_base_de_datos< /home/username/public_html/archivo_descargado.sql
Se le solicitará que ingrese la clave de la base de datos y una vez ingresada la misma comenzará la importación.
Recuerde que este tipo de importación lleva tiempo y depende del tamaño del archivo SQL
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